+1 за GordianKnot.
Весьма прост в обращении, не смотря на то что использует не совсем простые компоненты - просто ребята молодцы - связали много полезных утилит в единый комплекс.
GordianKnot-ом можно неплохо конвертировать, правда резать им не совсем удобно наверное будет. Так что резать - смотри чем тебе удобнее будет - по мне так и VirualDub-а хватает (кстати входит в комплект тогоже GordianKnot). Некоторые вообще WindowsMovieMaker-ом пользуются.
Так же можно из комплета GordianKnot взять только цепочку DGIndex и AVISynth - и прикрутить к любому нарезчику...