Rel canonical сам на себя терпимо?

Допустим на странице domain.com/test.html будет прописано <link rel="canonical" href="http://domain.com/test.html" >
Технически стоит реврайт на эту страницу с нескольких других страниц... убирать в определенном файле поэтому не получится...

Это будет сильно плохо для СЕ или пох и не парится?

конечно нормально, так и ставится.
значит этот контент именно здесь, а не на дублях.