Проблемы с индексацией php-паг google webmaster tools

Доброго всем !

Возникла странная проблема при индексации сайта в google webmaster tools, а именно:
При сканировании паг через сайтмэп около половины из них получили 404-статус, хотя ссылки правильные. При сканировании php-паг, из которых собственно и состоит сайт, паги были просканированы как исходный код, и в отчетах выледли строчки вида «http://domain/function.mysql-query», «http://domain/function.include».

Как так получилось и что можно сделать, что бы сайт индексировался нормально ?

Может когда приходил бот страницы были недоступны

Я тоже предположил именно это, другого объясненя нет.
А вот почему гугл увидел на страницах исходный код, вместо нормальной паги, вот вопрос №1 ?... В сети подобные ситуации искал - не нашел.