Как починить?

в error_log постоянная ошибка
PHP Warning: Module 'pdo_mysql' already loaded in Unknown on line 0
какая может быть причина и как пофиксить?

>Module 'pdo_mysql' already loaded
делается попытка дважды инициализировать модуль
вот и ругается
в принципе ничего страшного, на нервы наверно только действует

в скрипте убрать ручную подгрузку модуля

или может лучше dl() в условный блок по extension_loaded() включить (или @ перед dl поставить), видно скрипт не самописный, может запускаться и там, где оно дефолтом выключено (хотя, скорее-всего тогда и safe mode дефолтом включён ;)

Sterx писал:

в принципе ничего страшного, на нервы наверно только действует

Ага на нервы действует