Это известная проблема, из-за которой были взломаны сотни тысяч сайтов на различных хостингах. Она заключалась в критической уязвимости CPanel 11 (не помню точно до какого релиза) после чего разработчики выпустили хотфикс, который большинство хостеров сразу установили. Однако клиентов об этой проблеме не уведомляли (насколько мне известно). Сайты взламывались по ФТП. Поэтому смена всех паролей на хостинге (конечно, если установлена обновленная CPanel) и перезаливка скриптов обычно решала проблему.
