Я так подозреваю что есть софт который умеет это делать поточно. Причём большинство из них поддерживают потоковую конвертацию.
Например:
http://www.sharewareguide.net/article/Tip/flv-encoder:-how-to-conve…-file.html
Оффсайт: http://www.alloksoft.com/flv_converter.htm
Только он триальный, но думаю не проблема найти кряки или скачать полный откуда-нить с торрентов. :-)
Может и конвертироваться будет долго но с твоей стороны никаких затрат, комп будет барабанить и всё. Если не разберёшься пиши может чем и помогу :-)
